ダイソーの運営ポリシーには

電話による在庫確認はお受けしておりません。

と、記載があるんですが、電話確認大丈夫なのかは店舗によるんでしょうか…

DAISO店員です。
店舗にもよるかと思いますが、私が今まで対応した件では、アプリ内表記と実際の在庫に大きなずれやあまりに長い反映時差はありませんでした。
なので、最初に店員に尋ねた際の「まだバックヤードに〜」はその通りだと思います。

「売り切れ」と言われた事については、
①何らかの都合で販売、陳列できない為、ご納得頂く為にそう伝えた（よくない事です。）
②再来店なさる前に陳列され、そのまま売り切れたが、翌日の朝に再び入荷した。
のどちらかが原因と思います。

憶測による回答の為、必ず上記の原因とは限りません。

もし店頭に何度も足を運び確認するのが難しい場合は、店舗に電話し、お求めの商品のJANコードを伝えて頂ければ在庫を確認する事ができます。
※店舗の電話番号はレシート上部に印字されてあります。
その際に在庫があれば1週間は取り置きが可能ですので良ければご利用下さい。